В Linux есть понятие файловая систем, ровно, как и в других операционных системах, но с одним отличием, тут она одна и её начало или верхний уровень называется корнем " / ". При подключении других файловых систем, к примеру диска или USB-накопителя, её файловая система своим началом, верхним уровнем (тоже корнем " / " относительно устройства) подключается (правильнее монтируется) к какой-то папке (правильнее каталогу) в системе и становится частью обшей структуры каталогов.

  

Корневой каталог, начало дерева каталогов всей файловой системы.

В нём размещаются системные программы (бинарные файлы).
Например, основные команды ядра Linux (cp, cat, mount и другие).

В этом каталоге размещается загрузчик системы и некоторые дополнительные файлы, которые нужны для запуска Linux.

Каталог содержит файлы, которые представляют физические устройства компьютера. Через эти файлы осуществляется интерфейс для устройств.

В каталоге хранятся системные файлы и конфигурации. Например, здесь хранятся такие файлы как fstab, passwd, hosts и другие.

Домашние каталоги пользователей. У каждого пользователя в /home есть свой определённый каталог, имя которого совпадает с именем пользователя.

В каталоге размещены системные библиотеки и модули ядра. 

В этот каталог обычно монтируются съёмные носители. Для каждого устройства в каталоге /media создаётся отдельный каталог.

В этот каталог обычно монтируют на время дополнительные файловые системы.

В этот каталог обычно устанавливают дополнительное программное обеспечение (ПО), которое является дополнением к базовому ПО дистрибутива.

В каталоге размещена так называемая псевдофайловая система — виртуальная файловая система информации о ядре и процессах.

Домашний каталог пользователя root. В каталоге размещаются файлы пользователя root.

В каталоге размещаются важные системные исполняемые (бинарные) файлы, которые необходимы для запуска системы. Также в каталоге размещаются команды, которые обычно использует только системный администратор.

(«только для чтения»)
Каталог содержит неизменяемые данные для сервисов, предоставляемых данной системой.

В данном каталоге содержатся временные файлы, которые, как правило, удаляются автоматически и после перезагрузки. Многие программы используют данный каталог для хранения временных данных.

В этом каталоге хранятся исполняемые файлы, библиотеки и файлы документации для внутренних служб, компоненты ядра для функционирования операционной системы, а также данные программ, установленных пользователями.

Каталог содержит различные данные, которые обычно изменяются со временем. 
Например, в нём могут размещаться сохранённые данные для игр, файлы регистраций, буферы печати. В нём же хранятся файлы системных журналов (в каталоге /var/log).